TMPGEnc 4.0 Xpressのクロップフィルタ

テレビ番組の変則的なレターボックス（具体的に言うとコードギアス）をクロップフィルタでワイド映像に（黒い部分を除去）したのだが、エンコードしたらサイズが横長に。
よく見てみたら、出力設定は通常のワイド設定になっており、そちらが有効になってしまっていて、せっかくクロップしたものが再度横に引き伸ばされていた。クロップしたのだから、それに合わせるとかって設定ないのだろうか？しかたないのでクロップサイズに出力サイズを合わせて設定しなおし、改めてエンコード。