Visual Studio 2005以降だったかな、プロジェクトのプロパティから設定ファイルをGUIで作成できるようになりました。これなんですが、カテゴリが「ユーザー」のものはDocument And Settingsフォルダのユーザーフォルダに作成されるので、一度できたものを変更しても、デバッグ実行などでは反映されないことがあります。
この場合、Document And Settingsのユーザーフォルダにある「Application Data\会社名」とか「プロジェクト名」のフォルダ以下をごっそり消せば作り直されます。
さっき知った(笑)